Handbrake (https://trac.handbrake.fr/) を使う．これで作ったチャプターは，ipadも認識するようだ．
まず，右のpresetからipadを選択．以下のように変更:

• VideoのQualityで，Avg Bitrateを選択し，512とする．
• Subtitlesで，適当なtrackを選び，burned in をチェックして add．(addボタンを押すのを忘れないように)
• Chaptersで，Create chapter markers をチェック